Istana Yogyakarta dibina oleh Pangeran Mangkubumi pada tahun 1755-1756 (tahun Jawa: 1682),[1] beberapa bulan selepas penandatanganan Perjanjian Giyanti antara Putera Mangkubumi Yogyakarta, Hamengkubuwono Surakarta dan Syarikat Hindia Timur Belanda. Hutan Banyan dipilih sebagai tapak istana kerana lokasinya di antara dua sungai yang dianggap sebagai perlindungan yang baik dari kemungkinan banjir.

Pada 20 Jun 1812, Stamford Raffles mengetuai pasukan British yang berketinggalan 1.200 untuk menyerang kota diraja Yogyakarta. Orang Jawa, walaupun melebihi jumlah penceroboh, tidak bersedia untuk serangan itu dan diambil kembali oleh acara tersebut. Dalam satu hari, kota Yogyakarta jatuh dan istana dirampas dan dibakar. Jumlah rampasan dari istana bernilai £ 15,000 dalam emas, permata dan mata wang keras (yang bernilai £ 500,000 hari ini). Peristiwa ini adalah kali pertama serangan telah dijalankan ke mahkamah di Jawa dan sebagai akibatnya kesultanan telah ditundukkan sepenuhnya kepada pihak berkuasa penjajah.[2]

Kebanyakan bentuk istana sekarang ini dibina oleh Sultan Hamengkubuwono VIII yang memerintah dari 1921 hingga 1939. Ia mengalami gempa bumi pada tahun 1876 dan 2006, dan kemudiannya dibina semula selepas kehancuran.[3]